6.7 perl--blast后的xml注释结果提取

用本地化的blast比对，outfmt为5时，出来的结果为xml格式，里面包含了非常全面的注释信息，我需要对注释结果中最好的那条比对结果进行提取。

分析：

这样的一个脚本，主要就是一个捕获的过程中，我们知道没一条query都会有很多条比对的结果，而我们需要的是每条序列比对的第一个结果（也就是最好的），这个脚本的难点找到不同的识别位点。 我下面的这个脚本写的优点粗糙，因为第个最好的比对结果是跟在Iteration_query-def后面的，而一条序列就只有一个Iteration_query-def，所以识别出来他，然后在后面识别其他比对的结果输出结果后面加上\n（换行符）就提取出来结果。这样最好的比对的那个结果后面就加上了query:,没有query:的行就不是最好的结果。

然后再终端 gerp “query:” outputfile outpufile.

#!/usr/bin/perl
use warnings;
use strict;
my$usage="distrub.pl blast.xml ouput";
die $usage if @ARGV!=2;
my ($input,$output)=@ARGV;


open IN,'<',$input;
open OUT,'>',$output;

print OUT "num\tquery\thit\tannoation\n";

my $num=0;

while () {
   chomp;
          print OUT "query:$1\t" if (/(\S+)<\/Iteration_query-def>/);
          print OUT "$1\t" if(/(\S+?)<\/Hit_id>/);
          print OUT "$1\n" if(/(.*?)<\/Hit_def>/);  
           
}

close IN;
close OUT;

注：

第一次写这种捕获，我觉得难点就是要找到可靠的识别位点，但是我这个脚本写的不好，因为不能一次性处理，得到我想要的结果，在写的过程中If语句还是有点用的不好。