RNA

一、基本概念
1.9 人物
二、RNA药物
三、实验部分
3.1 结构
3.2 翻译
3.3 分离纯化
3.4 RNAseq
3.5 稳定性
3.8 工艺
四、RNA结构
4.0 结构与功能
4.1 二级与三级结构
4.2 结构预测
4.6. 相互作用
五、密码子优化(mRNA)
5.1 网页工具
5.2 原理讨论
5.3 数据库
5.4 本地化设计工具
5.5 其他位点
六、 RNA编辑
6.1 gRNA
八、其他RNA
8.1 siRNA
8.2 microRNA
8.3 circRNA
8.4 saRNA
8.5 其他
九、mRNA
9.1 cap
9.2 IVT
9.3 polyA
9.4 ds RNA
9.5 promoter与terminator
9.6 UTR
9.7 stability
9.8 修饰

总篇数：137

2018/08/16 【1.1.1】各种各样的RNA(Versatile RNAs)
2022/08/25 【1.1.1.2】小核酸药物
2023/03/14 【1.1.1.3】穹窿体RNA（Vault RNA，vRNA）
2018/08/30 【1.1.2】RNA世界假说
2021/11/25 【1.1.4】RNA序列分子式和分子量
2018/08/30 【1.1.3】RNA蛋白质复合物
2022/01/25 【1.1.5】非编码RNA种类与功能简介
2021/02/27 【1.2.1】SD序列
2021/11/07 【1.2.2】起始和终止密码子
2021/02/28 【1.2.2】Kozak序列
2021/03/09 【1.4.1】双链RNA结合基序
2021/08/10 【1.5.1】RNA病毒中的非规范翻译（non-canonical translation,IRESes）
2022/02/02 【1.9.1】Rhiju Das
2022/04/29 【2.1.1.2】自组装mRNA疫苗
2021/02/19 【2.1.1.1】基于mRNA的疗法-开发新型药物
2021/05/11 【2.3】RNA专利解读(CureVac)
2021/10/06 【2.5】mRNA 编码细胞因子
2021/07/20 【2.4】LNP-mRNA的非免疫疗法应用
2021/07/27 【3.1】核酸结构测定
2021/08/07 【3.2.1.1】翻译组学相关技术的应用研究进展
2021/08/08 【3.2.2.1】通过蔗糖梯度分级（Sucrose Gradient Fractionation）对 mRNA 翻译进行分析
2023/03/09 【3.2.3.1】翻译组-uORF-翻译效率
2021/10/15 【3.3.1】反相离子对色谱法 Reversed phase ion pair chromatography (RP-IP)
2021/10/16 【3.3.2】毛细管电泳CE(Capillary electrophoresis)
2022/08/28 【3.4.1】rna-seq
2022/08/29 【3.4.2.1】scRNA-seq和空间转录组
2022/08/30 【3.4.3.1】新生RNA(nascent RNA)
2021/11/13 【3.4.4.1】核糖体图谱分析Ribosome profile（Ribo-seq）
2022/12/29 【3.4.5.1】可见分光光度计进行核酸热稳定性测量（Tm）
2022/09/01 【3.4.5.1】RNA结构与相互作用分析
2022/02/06 【3.8.1】mRNA药物的生产工艺(MOD)
2022/05/08 【4.1.1】RNA 结构和功能之间相互作用
2022/05/09 【4.0.1】RNA二级结构的全基因组分析
2018/08/30 【4.1.1.1】RNA二级结构
2023/03/13 【4.1.1.2】预测核酸二级结构稳定性的最近邻参数数据库--NNDB
2018/08/30 【4.1.2】RNA的三级结构（pseudoknot，kissing loop）
2022/12/20 【4.1.3】几种基于核酸序列构建三维结构的工具
2020/01/23 【4.2.1】预测RNA二级结构RNAfold
2021/05/06 【4.2.2】预测RNA二级结构RNAstructureWeb
2021/03/14 【4.2.3】LinearFold
2021/05/08 【4.2.4】RNA二级结构可视化forna
2021/08/11 【4.2.5】预测RNA二级结构mfold
2022/11/05 【4.2.6】预测RNA二级结构LinearPartition
2021/07/28 【4.3.1】来自大型开放实验室的RNA设计规则(EteRNABot、eternagame)
2021/07/29 【4.3.2】AntaRNA
2022/12/15 【4.6.1】预测microRNA结合位点--miRanda
2022/02/03 【4.6.1】预测RNA-RNA相互作用--INTARNA
2020/04/08 【5.1】密码子优化
2021/05/02 【5.1.2】密码子使用偏性
2020/04/09 【5.2.1.1】人体疗法中密码子优化的关键分析
2020/11/14 【5.2.1.2】用于设计定制合成基因的计算工具和算法
2020/11/23 【5.2.1.3】密码子优化的干扰素γ在CHO细胞中的增强表达
2020/11/24 【5.2.1.4】重组生物治疗药物生产中的密码子优化的潜在风险和注意事项
2020/11/25 【5.2.1.5】同义密码子选择对合理蛋白质设计的贡献
2020/11/26 【5.2.1.6】真核基因组中的近中性和密码子使用偏好的演变
2022/05/11 【5.2.1.7】由遗传密码产生的 mRNA 二级结构的周期性模式
2022/05/12 【5.2.1.8】人类转录组中 RNA 二级结构的景观和变异
2020/04/10 【5.3】密码子使用情况数据库(Codon Usage Database)与CAI
2020/11/13 【5.4.1】密码子优化本地化不靠谱的软件
2020/04/11 【5.4.2.4】Codon optimization(19年基于二级结构优化密码子的开源工具)
2020/11/11 【5.4.2】codonw
2020/11/12 【5.4.2.2】jcat
2020/11/13 【5.4.2.3】mRNA-optimiser
2020/11/15 【5.4.2.5】tAI
2020/11/16 【5.4.2.6】cai
2023/01/03 【5.3.1.2】密码子和密码子对使用表（ CoCoPUT ）
2023/01/02 【5.4.3.1】DNA Chisel，一种多功能序列优化器
2020/11/09 【5.5】酶切位点
2021/07/25 【5.6.1】基于 RNA 的疗法的 mRNA 结构、稳定性和翻译的组合优化
2022/02/01 【5.6.1.2】通过二级结构设计稳定信使RNA的理论基础--superfolder mRNA
2022/05/07 【6.1.1】RNA编辑
2019/10/19 【6.1.1】CRISPR/Cas简介
2019/11/01 【6.1.2】CRISPR-Cas9 gRNA设计工具的比较
2019/11/02 【6.1.3】gRNA库
2019/10/27 【6.2.1】CHOPCHOP-v1
2019/10/28 【6.2.2】CHOPCHOP-v2
2019/10/30 【4.2.3】CHOPCHOP-v3
2021/04/22 【6.2.4】CHOPCHOP的部署
2019/11/28 【6.3】SPROUT
2019/11/29 【6.4】DeepCRISPR
2019/12/17 【6.5.1】CRISPR-Cas9介导的基因失活的高活性sgrNAs的合理设计
2019/12/16 【6.5.2】优化的sgRNA设计可最大化crisPr-cas9的活性并最小化脱靶效应
2019/12/18 【6.6】具有工程RNA二级结构的CRISPR系统的特异性增加
2020/12/15 【6.7.1】CRISPR脱靶预测经验
2020/12/17 【6.7.1】最新开发的策略可最大程度地减少CRISPR-Cas介导的基因组编辑中的脱靶效应
2020/10/10 【6.7.1】CRISPR/Cas9介导的基因组工程中的脱靶效应
2020/12/16 【6.7.2】Cas-OFFinder预测gRNA的mismatch区域
2020/12/17 【6.7.2】Off-Spotter
2020/12/18 【6.7.3】Digenome-seq
2020/12/19 【6.7.3】GUIDE-Seq
2021/05/25 【6.8.2】Sanger测序数据的编辑效率分析（TIDE）
2021/04/26 【8.1】 siRNA 设计原则和药物开发中生物转化和处置
2021/10/13 【8.2.1】microRNA
2021/04/12 【8.2.2】microRNA组织表达
2022/02/08 【8.3.1】RNA的体外环化
2022/02/10 【8.3.2.1】优化splint
2022/04/21 【8.3.3.1】Clean-PIE
2022/02/18 【8.3.4.1】构建环形RNA稳定高效表达蛋白
2022/05/15 【8.3.4.2】工程化circRNA
2022/09/04 【8.3.4.3】环状RNA的制备
2022/09/05 【8.3.5.2】IRES介绍
2022/05/16 【8.3.5.3】IRESbase
2022/04/03 【8.4.1】saRNA(自我复制RNA)简介
2022/05/02 【8.5.1】exoRBase(miRNA/circRNA/lncRNA)
2022/05/05 【9.0】原核与真核生物mRNA的特征比较
2021/05/01 【9.1.1.1】mRNA cap
2021/05/12 【9.1.1.2】哺乳动物细胞功能和命运中的mRNA帽调节
2022/02/22 【9.1.1.3】mRNA共转录加帽技术
2022/04/16 【9.1.4】酶加帽法
2023/01/27 【9.1.5】5-prime capping of mRNA
2022/04/13 【9.2.1】IVT(mRNA合成|In Vitro Transcription)
2021/03/02 【9.3.1】polyA
2021/03/01 【9.3.2】多任务polyA尾巴--核RNA成熟、降解和输出
2021/05/19 【9.3.3】mRNA 去腺苷酸化
2021/05/15 【9.3.4】mRNA polyA
2021/10/20 【9.3.5】聚腺苷酸化信号（PAS，polyA信号,SV40）
2021/10/19 【9.3.6】mRNA polyA的测定
2022/04/30 【9.3.7】mRNA体外酶连polyA
2021/05/16 【9.4.1】dsRNA--了解和克服合成 mRNA 的免疫反应
2022/05/14 【9.4.1.2】高温体外转录合成低免疫原性RNA
2023/02/15 【9.4.1.3】dsRNA产生的过程
2021/05/18 【9.5.2】Run-Off Transcription
2021/08/06 【9.5.3】启动子和终止位点预测
2021/07/26 【9.6.2】真核 mRNA 的 5'-非翻译区的翻译控制
2021/11/15 【9.6.3】UTR库--AURA
2021/11/16 【9.6.4】UTR库--UTRdb
2021/10/12 【9.6.1.1】mRNA UTR(Untranslated regions)
2022/01/30 【9.6.1.2】3UTR
2022/01/29 【9.6.1.3】3' UTR 在做什么
2021/10/18 【9.7.1】脂质纳米颗粒递送系统中 mRNA 活性丧失的新机制
2022/02/16 【9.7.2】酵母细胞质中mRNA降解
2022/02/04 【9.7.2】RNA 降解
2022/02/14 【9.8.1.1】RNA修饰
2023/01/26 【9.8.1.2】体外转录 mRNA 的核苷修饰，以降低免疫原性并改善预防性和治疗性抗原的翻译
2022/02/15 【9.8.2.1】m6A
2022/04/23 【9.8.2.2】RNA的U修饰（假尿嘧啶）
2022/09/08 【9.8.2.2】N1-甲基假尿苷在新冠肺炎疫苗中的作用