【9.1.2】moe叠合两分子结构

一、目标：叠合两分子结构

二、注意

1. 在moe中输入时候，不要是中文输入法

三、流程

1.打开pdb文件

• File – open—pdb –输入pdb id
• File-open – pdb文件

2.序列注释

点击SEQ,

出现新的操作界面（如下图） 然后选择‘annotate’—‘antibody—‘kabat’

经过抗体，抗原注释，出现的结果是这样的

第一部分是重链，第二部分是轻链，第三部分是抗原区域

3. 序列叠合

然后点击界面右上角的“Align/Superpose”, 界面右下角出现各种选择框，点击红色箭头所示的箭头

用control加鼠标选中所需的行，被选中的行的序列名字背景色是灰色（如下图）；然后通过setblocks 中I /* 来标注，* 表示被选中；i表示丢弃。然后点击”superpose”,被选中的序列则进行重拍

4.选择需要显示的序列

选中显示的链，并标注颜色。（如下图）背景色是绿色的部分，表示被选中，灰色的背景表示没有被选中（则结构不显示在图中），然后选择背景色。

5.隐藏atoms

“Hide”—“All Atoms

6. 背景选择白色

选择右下角的“相框”图标，然后选择背景“standard white”

7.保存结果

File – save – 输入保存的名字，保存为moe文件，以后就可以调取出来使用