Protein Design

一、计算蛋白属性（基于结构）
二、计算蛋白属性（基于序列）
三、结构优化
四、建模
4.1 二级结构预测
4.2 二级结构预测工具
4.4 三级结构预测
4.5 建模工具
4.7 结构比对
五、对接
六、蛋白质功能优化
6.2 稳定性
七、设计
八、具体案例
九、工具篇
MOE
VMD
pymol …

张杨的网站： https://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/
蛋白结构教学： http://kinemage.biochem.duke.edu/teaching/anatax/index.html

总篇数：75

2020/01/20 【1.1.1】蛋白溶剂可及性（solvent accessibility）
2019/12/02 【1.1.2】计算残基暴露程度（freesasa）
2020/01/26 【2.3】promotif
2019/12/03 【2.1.1】蛋白二级结构Dali
2019/12/04 【2.1.2】DSSP
2020/01/25 【2.1.3】HSSP
2020/12/25 【2.2.1】gstat计算蛋白化学公式(chemical formula)
2020/12/25 【2.2.1】统计蛋白序列的各种属性 Emboss pepstats
2020/07/27 【2.5.1】蛋白质链柔性预测（Karplus Schulz Flexibility ）
2020/07/24 【2.5.1】Emini surface accessibility scale
2020/07/29 【2.5.4】Parker亲水性预测
2018/12/06 【3.1】小分子三维结构构建与优化--Discovery Studio （DS）
2020/01/28 【4.1.1】蛋白质二级结构预测
2021/05/23 【4.1.2】CASP
2020/02/06 【4.2.1】蛋白质二级结构预测--GOR
2020/02/07 【4.2.2】蛋白质二级结构预测--Chou-Fasman
2020/02/08 【4.2.3】蛋白质二级结构预测--psipred
2019/12/20 【4.4.1】蛋白质结构预测和设计的进展
2019/12/28 【4.4.2】视紫红质结构预测的现代同源性建模算法的比较研究
2020/02/12 【4.4.3】蛋白质结构预测的分水岭
2020/01/09 【4.5.1】蛋白质结构和功能预测(I-TASSER)
2020/01/03 【4.5.2】I-TASSER服务器--蛋白质结构和功能预测的新发展
2019/12/29 【4.5.3】同源建模--modeller
2020/01/08 【4.5.4】使用Robetta服务器进行蛋白质结构预测和分析
2020/02/09 【4.2.3】SURPASS
2021/11/21 【4.5.6】结构预测--alphafold
2019/06/05 【4.7.1.1】蛋白结构比对的进展和挑战
2018/01/15 【4.7.1.3】三级结构的比对
2019/02/13 【4.7.1.4】MICAN--基于蛋白结构的比对
2020/01/15 【4.7.3.1】结构比较--Prosa z-score
2018/03/23 【4.7.3.1】均方根差（RMSD）
2020/01/11 【4.7.3.4】结构比较--Tm score (Lg score/maxsub score)
2020/01/12 【4.7.3.5】结构比较--LGA score(LCS,GDT)
2020/01/16 【4.7.3.6】结构比较--CAD-score(残基-残基接触面积差)
2020/01/22 【4.7.3.7】结构比较--QCS(残基-残基接触面积差)
2021/12/29 【4.7.3.8】结构比较--LDDT
2018/12/08 【5.1.1】分子对接
2018/01/15 【5.2】蛋白质-蛋白质分子对接
2018/01/15 【5.3.3】蛋白质分子表面性质
2018/01/15 【5.4.4】蛋白质-小分子分子对接
2018/01/15 【5.5.5】虚拟筛选与反向对接
2018/08/03 【5.5.2】分子对接库需要注意的问题
2020/09/03 【5.6.1】蛋白质中的残基的静电互补和结构互补（Em和Sm）
2019/07/06 【6.1.1】饱和突变（saturation mutagenesis）
2019/07/24 【6.2.1】蛋白质稳定性原理及其在计算设计中的应用
2021/11/26 【6.2.1.2】蛋白质转化率（PROTEIN TURNOVER）
2021/11/23 【6.2.1.3】N-end rule
2019/07/23 【6.2.2】基于序列和结构设计来提高蛋白表达量和稳定性（PROSS）
2019/07/25 【6.2.3】设计热稳定蛋白--fireprot
2020/06/21 【6.2.4】蛋白稳定性预测的工具比较（Provean/FoldX/ELASPIC/Rosetta）
2021/11/14 【6.2.5】DeepDDG-- 使用神经网络预测蛋白质点突变的稳定性变化
2021/11/02 【6.2.5】空腔填充疏水取代 cavity-filling hydrophobic substitutions
2019/08/19 【6.3.1】蛋白质稳态研究中用CamSol预测蛋白质溶解
2020/06/16 【6.4.1】预测和减少单克隆抗体的聚集
2020/06/17 【6.4.2】Tango预测蛋白聚集区域
2019/06/05 【7.1.2】由citizen科学家设计的de novo蛋白质
2020/11/10 【7.1.3】蛋白质可以被设成没有功能么
2019/09/03 【8.5.1】遗传衣壳修饰允许有效重新靶向腺相关病毒2型
2019/09/02 【8.5.2】腺相关病毒2型（AAV2）衣壳基因的突变分析和AAV2载体的构建改变取向
2019/09/04 【8.5.3】随机肽文库显示在腺相关病毒上以选择靶向基因治疗载体
2019/09/05 【8.5.4】新的腺相关病毒的体内导向进化为玻璃体外治疗外视网膜基因
2018/08/16 【9.1.1】moe安装
2018/07/27 【9.1.2】moe叠合两分子结构
2018/08/09 【9.1.3】moe序列标记
2018/09/21 【9.1.4】moe标记α碳
2018/12/12 【9.1.5】moe不能下载pdb
2018/12/13 【9.1.6】通过moe对抗体批量renumber
2018/01/12 【9.2.1】蛋白质结构可视化-VMD
2018/12/06 【9.2.2】蛋白质三维结构演示-pymol
2020/12/04 【9.2.3】蛋白质三维结构演示-avogadro
2022/05/03 【9.2.4】RNA三级结构可视化--chimeraX
2018/08/16 【9.4.1】蛋白-配体相互作用指纹图谱（PLIF）
2018/06/05 【9.5.1】helm
2020/04/07 【9.6】NGL--分子结构可视化插件
2020/07/14 【9.7】Flare的初识