【4.1】Newick tree格式

是树形文件格式之一，used by GARLI, MrBayes, PAUP*, PHYLIP, PROTML, TREE-PUZZLE, and several other programs。Very few programs cannot read or import this treefile format. However, Newick is the only treefile format readable by the PHYLIP programs drawgram, drawtree, and retree.

上图可以表示为 (B,(A,C,E),D)

也可以在标记后面加上冒号和数字，冒号后面的数字代表树的长度，如：

(B:6.0,(A:5.0,C:3.0,E:4.0):5.0,D:11.0)

(B:6.0,(A:5.0,C:3.0,E:4.0)Ancestor1:5.0,D:11.0)  

分支的地方可以加上名字

上图可以表示为

(A:0.1,B:0.2,(C:0.3,D:0.4)E:0.5)F

可视化：

1. 生成的Newick tree格式文件可视化工具：http://www.trex.uqam.ca/index.php?action=newick
2. 可视化工具可以用PHYLIP programs（下载地址 http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/getme.html）
3. 还有R中的library(ape)

参考资料

• 维基百科 http://en.wikipedia.org/wiki/Newick_format
• Evolution and genomics http://evomics.org/resources/tree-formats/