Mapping

一、基本概念
二、两序列比对
三、多序列比对
3.1 基本概念
3.2 比对工具
3.3 可视化
3.5 进化树
四、reads map到基因组
五、blast专题
六、比对的工具
七、基因组的比对
八、序列的转化
九、序列比对的应用
9.1 moitf

总篇数：47

2019/02/14 【1.0】alignment和mapping区别
2017/01/21 【1.1】打分矩阵
2017/01/21 【1.2】一致度、相似度和同源度
2017/01/21 【2.1】序列俩俩比较-打点法
2017/01/21 【2.2】序列比对算法介绍
2019/09/06 【2.3】biopython pairwise2实现两两序列比对
2017/01/21 【2.4.1】在线双序列比对
2018/01/17 【3.1】多序列比对
2021/05/04 【3.1.2】clustalw
2021/05/05 【3.1.3】mview多序列比对图
2021/09/13 【3.1.4】MAFFT多重序列比
2015/07/19 【3.5.1】系统进化树
2020/12/08 【3.5.2】基于bioptyhon绘制进化树
2014/01/04 【3.5.3】MEGAN
2021/09/15 【3.5.4】使用 RAxML 构建进化树
2015/05/26 【4.1.1】bowtie2
2020/11/05 【4.2】Reads map到基因组--Fastv
2021/09/04 【4.1.3】序列比对到参考基因组--bwa
2022/12/05 【4.2.1】序列比对到参考基因组-- hisat2
2022/05/10 【4.4】全基因组序列对比--VISTA
2022/10/13 【4.5.1】yara
2022/12/23 【4.9.1】基于bam文件质量评估工具 qualimap
2017/01/21 【5.1】blast原理介绍(序列数据库的搜索)
2017/01/21 【5.2】blast数据库知多少
2015/05/16 【5.3】blast简介及参数设置
2019/08/02 【5.4】Position-Specific Iterated (PSI)-BLAST
2018/10/11 【5.4】igblast简介及参数设置
2017/01/17 【6.1.2.1】samtools
2022/03/06 【6.1.2.2】bcftools
2017/01/18 【6.1.2.3】bedtools
2022/03/08 【6.1.2.4】sambamba
2014/01/15 【6.4】hmmer
2019/12/15 【6.5】根据坐标提取序列（samtools/fastacmd/twoBitToFa）
2021/08/26 【6.2.1】BBTools/BBMap Suite 的使用
2020/10/08 【7.1】基因组相似性（ANI）计算--FastANI
2021/10/14 【7.2】使用 MinHash 快速估计基因组和宏基因组距离--Mash
2020/10/12 【8.1】基因组定位的转换(liftover)
2020/10/11 【8.2】基因组坐标转基因名(pyensembl)
2022/12/08 【8.3】通过VCF文件制作定制化的参考基因组
2019/02/11 【9.1.1】DNA序列motifs
2018/01/17 【9.1.2】寻找保守序列-WebLogo(序列标识图)
2018/01/17 【9.1.3】寻找保守序列-MEME(序列基序)
2021/08/20 【9.1.5】序列标识图-plogo
2018/01/17 【9.1.4】寻找保守序列-PRINTS指纹图谱数据库
2021/08/22 【9.1.6】kpLogo--位置k聚体分析揭示了生物序列中隐藏的特异性
2022/05/27 【3.3.2】tablet可视化比对结果
2015/12/30 【3.3.1】IGV –基因组可视化工具