16S
- 一、 基本概念
- 二、mothur
- 三、 qiime1流程
- 3.1 文件格式
- 3.2 数据处理
- 3.3 探索数据的关系
- 3.4 结果曾现
- 四、qiime2流程
- 4.1 qimme2介绍
- 4.2 基本文件
- 4.3 分析流程
- 4.4 高级分析
- 五、其他分析
- 六、多样性分析
- 6.1 概念
- 6.1 α多样性指数
- 6.2 β多样性指数
- 6.3 γ多样性指数
- 七、其他分析
- 八、报错分析
总篇数:31
- 2019/08/18 1.1 OTU的定义与解读
- 2015/05/26 2.1 Mothur—16s双端测序处理
- 2014/05/26 3.1.1 biom文件
- 2014/05/22 3.1.2 mapping文件
- 2014/04/10 3.2.1 稀释性曲线
- 2015/05/26 3.2.2 cd-hit去除冗余序列
- 2014/06/16 3.2.3 uchime去除chimera
- 2014/06/26 3.2.4 pick_otus.py(qiime)
- 2020/09/16 4.2 qiime2的物种分类库
- 2020/09/21 【4.1.1】qimme2介绍
- 2020/09/15 4.1.2 qiime2的安装
- 2020/09/17 4.3.1 qiime2导入数据
- 2020/10/27 4.3.2 qiime2拆分数据
- 2020/10/28 4.3.3 qiime2序列质控和feature表构建
- 2020/10/29 4.3.4 qiime2进化树多样性分析
- 2020/09/22 【4.3.5】 qiime2的alpha和beta分析
- 2020/10/30 【4.3.6】 qiime2的稀释性曲线
- 2020/11/01 【4.3.7】 qiime2物种分析
- 2020/11/02 【4.3.8】 qiime2差异丰度实验
- 2015/05/26 5.2 找影响系统发生的相关因素--UniFrac
- 2014/06/08 5.1 进化树与heatmap合并
- 2014/10/13 【5.4.1】Bray-Curtis similarity index(俩群落的相似性)
- 2021/09/02 【5.4.2】PERMANOVA分析--解析处理对微生物群落的作用大小
- 2015/05/26 6.1.1 多样性指数与丰富度指数
- 2015/05/26 【6.2.1】α多样性指数
- 2021/09/17 【6.2.2】Faith Phylogenetic Diversity谱系多样性
- 2015/05/26 【6.3.1】β多样性指数
- 2015/05/26 【6.4.1】γ多样性指数
- 2015/05/26 【6.5.1】mothur多样性的几个指数
- 2021/02/21 7.1 批量下载微生物基因组
- 2022/01/19 8.1 No space left on device classifier TMPDIR